• • ΣΠΙΤΙ
   
  • ΚΥΡΙΑ ΕΚΘΕΣΗ ΑΝΑΘΕΩΡΗΣΗΣ
   
  • ΠΡΟΣΘΗΚΗ
   
  • ΕΠΙΣΤΟΛΗ ΕΠΙΣΤΡΟΦΗΣ
   
  • ΥΠΟΒΟΛΗ
   
  • ΚΟΙΝΟΠΡΑΞΙΑ
   
  • ΛΑΘΗ-ΘΕΤΙΚΑ
   
  • ΑΡΘΡΑ
   
  • ΠΟΔΟΣΦΑΙΡΕΣ
   
  • ΞΕΠΕΡΝΩ
   
  • «ΑΠΟ ΤΕΛΟΣ ΙΑΝ 2021»
   
  • ΛΗΨΕΙΣ
   
  • ΑΠΟΤΥΠΩΜΑ
   
  • ΚΑΘΡΕΦΤΕΣ
   
  • FUELLMICH PT.1

Έκθεση αξιολόγησης Corman-Drosten et al. Ευρω-επιτήρηση 2020

27 Νοεμβρίου 2020

Αυτή η εκτενής έκθεση αξιολόγησης έχει υποβληθεί επίσημα στο συντακτικό συμβούλιο της Eurosurveillance στις 27 Νοεμβρίου 2020 μέσω της πύλης υποβολής τους, που επισυνάπτεται σε αυτήν την έκθεση αξιολόγησης είναι μια επιστολή αίτησης ανάκλησης , υπογεγραμμένη από όλους τους κύριους & συν-συγγραφείς. Τα πρώτα και τα τελευταία ονόματα είναι ο πρώτος και ο δεύτερος κύριος συγγραφέας. Όλα τα ονόματα μεταξύ τους είναι συν-συγγραφείς.

Η εξωτερική ομότιμη ανασκόπηση της δοκιμής RTPCR για την ανίχνευση SARS-CoV-2 αποκαλύπτει 10 μεγάλες επιστημονικές ατέλειες σε μοριακό και μεθοδολογικό επίπεδο: συνέπειες για ψευδώς θετικά αποτελέσματα.

Pieter Borger ⁽¹⁾ , Bobby Rajesh Malhotra ⁽²⁾ , Michael Yeadon ⁽³⁾ , Clare Craig ⁽⁴⁾ , Kevin McKernan ⁽⁵⁾ , Klaus Steger ⁽⁶⁾ , Paul McSheehy ⁽⁷⁾ , Lidiya Angelova ⁽⁸⁾ , Fabio Franchi ⁽⁹⁾ , Thomas Binder ⁽¹⁰⁾ , Henrik Ullrich ⁽¹¹⁾ , Makoto Ohashi ⁽¹²⁾ , Stefano Scoglio ⁽¹³⁾ , Marjolein Doesburg-van Kleffens ⁽¹⁴⁾ , Dorothea Gilbert ⁽¹⁵⁾ , Rainer Klement ⁽¹⁶⁾ , Ruth Schruefer ⁽¹⁷⁾ , Berber W. Pieksma ⁽¹⁸⁾, Jan Bonte ⁽¹⁹⁾ , Bruno H. Dalle Carbonare ⁽²⁰⁾ , Kevin P. Corbett ⁽²¹⁾ , Ulrike Kämmerer ⁽²²⁾

ΑΦΗΡΗΜΕΝΗ

Στη δημοσίευση με τίτλο "Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR" (Eurosurveillance 25 (8) 2020) οι συγγραφείς παρουσιάζουν μια διαγνωστική ροή εργασίας και ένα πρωτόκολλο RT-qPCR για την ανίχνευση και τη διάγνωση του 2019-nCoV (τώρα γνωστό ως SARS-CoV-2), το οποίο ισχυρίζονται ότι έχουν επικυρωθεί, καθώς και ως μια ισχυρή διαγνωστική μεθοδολογία για χρήση σε εργαστήρια δημόσιας υγείας. 

Υπό το πρίσμα όλων των συνεπειών που προκύπτουν από αυτήν την ίδια δημοσίευση για κοινωνίες σε όλο τον κόσμο, μια ομάδα ανεξάρτητων ερευνητών πραγματοποίησε μια αναλυτική επισκόπηση της προαναφερθείσας έκδοσης στην οποία 1) όλα τα στοιχεία του παρουσιαζόμενου σχεδιασμού δοκιμής διασταυρώθηκαν, 2) RT-qPCR πρωτόκολλο-συστάσεις αξιολογήθηκαν με καλή εργαστηριακή πρακτική και 3) οι παράμετροι εξετάστηκαν σε σχέση με τη σχετική επιστημονική βιβλιογραφία που καλύπτει το πεδίο. 

Το δημοσιευμένο πρωτόκολλο RT-qPCR για την ανίχνευση και τη διάγνωση του 2019-nCoV και το χειρόγραφο υποφέρουν από πολλά τεχνικά και επιστημονικά σφάλματα, όπως ανεπαρκές σχεδιασμό εναρκτήρα, προβληματικό και ανεπαρκές πρωτόκολλο RT-qPCR και απουσία ακριβούς επικύρωσης δοκιμής. Ούτε το τεστ που παρουσιάστηκε ούτε το ίδιο το χειρόγραφο πληρούν τις προϋποθέσεις για μια αποδεκτή επιστημονική έκδοση. Επιπλέον, δεν αναφέρονται σοβαρές συγκρούσεις συμφερόντων των συγγραφέων. Τέλος, το πολύ σύντομο χρονικό διάστημα μεταξύ της υποβολής και της αποδοχής της δημοσίευσης (24 ώρες) σημαίνει ότι μια συστηματική διαδικασία αξιολόγησης από ομοτίμους είτε δεν πραγματοποιήθηκε εδώ είτε προβληματικής κακής ποιότητας. Παρέχουμε πειστικά αποδεικτικά στοιχεία για αρκετές επιστημονικές ανεπάρκειες, λάθη και ελαττώματα.

Λαμβάνοντας υπόψη τις επιστημονικές και μεθοδολογικές βλάβες που παρουσιάζονται εδώ, είμαστε βέβαιοι ότι το συντακτικό συμβούλιο της Eurosurveillance δεν έχει άλλη επιλογή από το να ανακαλέσει τη δημοσίευση.

ΕΚΘΕΣΗ ΕΠΙΣΚΟΠΗΣΗΣ ΣΥΓΚΕΚΡΙΜΕΝΩΝ

Αυτό το άρθρο θα δείξει πολλά σοβαρά ελαττώματα στο χαρτί Corman-Drosten, η σημασία του οποίου έχει οδηγήσει σε παγκόσμια εσφαλμένη διάγνωση λοιμώξεων που αποδίδονται στο SARS-CoV-2 και σχετίζονται με τη νόσο COVID-19. Βρισκόμαστε αντιμέτωποι με αυστηρούς αποκλεισμούς που έχουν καταστρέψει τη ζωή και τη ζωή πολλών ανθρώπων, την περιορισμένη πρόσβαση στην εκπαίδευση και αυτοί οι επιβαλλόμενοι περιορισμοί από κυβερνήσεις σε όλο τον κόσμο είναι μια άμεση επίθεση στα βασικά δικαιώματα των ανθρώπων και τις προσωπικές τους ελευθερίες, με αποτέλεσμα την εξασφάλιση ζημιών για ολόκληρες οικονομίες σε παγκόσμια κλίμακα.

Υπάρχουν δέκα θανατηφόρα προβλήματα με το έγγραφο Corman-Drosten που θα περιγράψουμε και θα εξηγήσουμε με μεγαλύτερη λεπτομέρεια στις ακόλουθες ενότητες.

Το πρώτο και σημαντικό ζήτημα είναι ότι το μυθιστόρημα Coronavirus SARS-CoV-2 (στη δημοσίευση με τίτλο 2019-nCoV και τον Φεβρουάριο του 2020 με τίτλο SARS-CoV-2 από μια διεθνή κοινοπραξία εμπειρογνωμόνων ιών) βασίζεται σε αλληλουχίες πυριτίου , που παρέχεται από ένα εργαστήριο στην Κίνα [1], διότι εκείνη τη στιγμή δεν ήταν διαθέσιμο στους συγγραφείς ούτε υλικό ελέγχου μολυσματικού («ζωντανό») ή απενεργοποιημένου SARS-CoV-2 ούτε απομονωμένο γονιδιωματικό RNA του ιού. Μέχρι σήμερα δεν έχει πραγματοποιηθεί επικύρωση από τον συντάκτη με βάση απομονωμένους ιούς SARS-CoV-2 ή RNA πλήρους μήκους αυτών. Σύμφωνα με τους Corman et al .:

«Στόχος μας ήταν να αναπτύξουμε και να αναπτύξουμε μια ισχυρή διαγνωστική μεθοδολογία για χρήση σε εργαστήρια δημόσιας υγείας χωρίς να διαθέτουμε υλικό ιών». [1]

Η εστίαση εδώ πρέπει να δοθεί στους δύο δηλωθέντες στόχους: α) ανάπτυξη και β) ανάπτυξη διαγνωστικού τεστ για χρήση σε εργαστήρια δημόσιας υγείας . Αυτοί οι στόχοι δεν είναι εφικτοί χωρίς να υπάρχει διαθέσιμο πραγματικό υλικό ιού (π.χ. για τον προσδιορισμό του μολυσματικού ιικού φορτίου). Σε κάθε περίπτωση, μόνο ένα πρωτόκολλο με μέγιστη ακρίβεια μπορεί να είναι ο υποχρεωτικός και πρωταρχικός στόχος σε οποιοδήποτε σενάριο-αποτέλεσμα αυτού του μεγέθους. Ο κρίσιμος προσδιορισμός του ιικού φορτίου είναι υποχρεωτικές πληροφορίες και είναι ευθύνη της ομάδας του Christian Drosten να πραγματοποιήσει αυτά τα πειράματα και να παράσχει τα κρίσιμα δεδομένα.

Παρ 'όλα αυτά, αυτές οι αλληλουχίες πυριτίου χρησιμοποιήθηκαν για την ανάπτυξη μεθοδολογίας δοκιμής RT-PCR για τον προσδιορισμό του προαναφερθέντος ιού. Αυτό το μοντέλο βασίστηκε στην υπόθεση ότι ο νέος ιός είναι πολύ παρόμοιος με το SARS-CoV από το 2003 καθώς και οι δύο είναι βήτα-κορανοϊούς.

Η δοκιμή PCR συνεπώς σχεδιάστηκε χρησιμοποιώντας τη γονιδιωματική αλληλουχία του SARS-CoV ως υλικό ελέγχου για το συστατικό Sarbeco. το γνωρίζουμε αυτό από την προσωπική μας ηλεκτρονική επικοινωνία με [2] έναν από τους συν-συγγραφείς της εφημερίδας Corman-Drosten. Αυτή η μέθοδος για το μοντέλο SARS-CoV-2 περιγράφηκε στο χαρτί Corman-Drosten ως εξής:

« Η καθιέρωση και επικύρωση μιας διαγνωστικής ροής εργασίας για τον έλεγχο 2019-nCoV και συγκεκριμένη επιβεβαίωση, σχεδιασμένη ελλείψει διαθέσιμων απομονωμένων ιών ή πρωτότυπων δειγμάτων ασθενών Ο σχεδιασμός και η επικύρωση ενεργοποιήθηκαν από τη στενή γενετική σχέση με το SARS-CoV του 2003 και υποβοηθήθηκε από τη χρήση της τεχνολογίας συνθετικών νουκλεϊκών οξέων. "

Το Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) είναι μια σημαντική βιομοριακή τεχνολογία για την ταχεία ανίχνευση σπάνιων RNA θραυσμάτων, τα οποία είναι γνωστά εκ των προτέρων. Στο πρώτο βήμα, τα μόρια RNA που υπάρχουν στο δείγμα μεταγράφονται αντίστροφα για απόδοση cDNA. Το cDNA στη συνέχεια ενισχύεται στην αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης χρησιμοποιώντας ένα συγκεκριμένο ζεύγος εκκινητών και ένα ένζυμο θερμοσταθερής ϋΝΑ πολυμεράσης. Η τεχνολογία είναι πολύ ευαίσθητη και το όριο ανίχνευσής της είναι θεωρητικά 1 μόριο cDNA. Η ειδικότητα του PCR επηρεάζεται σε μεγάλο βαθμό από βιομοριακά σφάλματα σχεδιασμού.

Τι είναι σημαντικό κατά το σχεδιασμό ενός τεστ RT-PCR και του ποσοτικού τεστ RT-qPCR που περιγράφεται στη δημοσίευση Corman-Drosten;

1. Οι εκκινητές και οι ανιχνευτές:

α) η συγκέντρωση εκκινητών και ανιχνευτών πρέπει να είναι του βέλτιστου εύρους
(100-200 nM)
β) πρέπει να είναι συγκεκριμένη για το γονίδιο-στόχο που θέλετε να ενισχύσετε
γ) πρέπει να έχει το βέλτιστο ποσοστό περιεκτικότητας GC σε σχέση με τις συνολικές αζωτούχες βάσεις ( τουλάχιστον 40%, μέγιστο 60%)
δ) για διαγνωστικά ιών, τουλάχιστον 3 ζεύγη εκκινητών πρέπει να ανιχνεύσουν 3 ιικά γονίδια (κατά προτίμηση όσο το δυνατόν πιο μακριά στο ιικό γονιδίωμα)

2. Η θερμοκρασία στην οποία λαμβάνουν χώρα όλες οι αντιδράσεις:

α) Θερμοκρασία τήξης DNA (> 92 °)
β) Θερμοκρασία ενίσχυσης DNA (ειδική TaqPol)
c) Tm; η θερμοκρασία ανόπτησης (η θερμοκρασία στην οποία οι εκκινητές και οι ανιχνευτές φθάνουν στο στόχο σύνδεσης / αποκόλλησης, να μην υπερβαίνει τους 2 ̊C ανά ζεύγος εκκινητών). Το Tm εξαρτάται σε μεγάλο βαθμό από το περιεχόμενο GC των εκκινητών

3. Ο αριθμός των κύκλων ενίσχυσης (μικρότερος από 35 · κατά προτίμηση 25-30 κύκλοι).

Σε περίπτωση ανίχνευσης ιών,> 35 κύκλοι ανιχνεύουν μόνο σήματα που δεν συσχετίζονται με μολυσματικό ιό όπως προσδιορίζεται από την απομόνωση στην κυτταρική καλλιέργεια [αναθεωρείται σε 2]. εάν κάποιος έχει δοκιμαστεί από PCR ως θετικό όταν χρησιμοποιείται ένα κατώφλι 35 κύκλων ή υψηλότερο (όπως συμβαίνει στα περισσότερα εργαστήρια στην Ευρώπη και τις ΗΠΑ), η πιθανότητα ότι το εν λόγω άτομο είναι πραγματικά μολυσμένη είναι μικρότερη από 3%, η πιθανότητα ότι το εν λόγω αποτέλεσμα είναι ψευδώς θετικό είναι 97% [αναθεωρήθηκε σε 3]

4. Μοριακές βιολογικές επικυρώσεις. Τα ενισχυμένα προϊόντα PCR πρέπει να επικυρωθούν είτε με την εκτέλεση των προϊόντων σε γέλη με χάρακα DNA, είτε με άμεση αλληλούχιση DNA

5. Πρέπει να καθοριστούν θετικοί και αρνητικοί μάρτυρες για να επιβεβαιωθεί / διαψευχθεί η συγκεκριμένη ανίχνευση ιών

6. Πρέπει να υπάρχει διαθέσιμη μια τυπική επιχειρησιακή διαδικασία (SOP)

Το SOP καθορίζει ξεκάθαρα τις παραπάνω παραμέτρους, έτσι ώστε όλα τα εργαστήρια να είναι σε θέση να ρυθμίσουν τις ίδιες ακριβώς συνθήκες δοκιμής. Η ύπαρξη επικυρωμένου καθολικού SOP είναι απαραίτητη, διότι επιτρέπει τη σύγκριση δεδομένων εντός και μεταξύ χωρών.

ΕΛΑΧΙΣΤΑ ΑΝΕΠΙΘΥΜΗΤΕΣ ΜΕ ΤΟ ΧΑΡΤΙ ΤΟΥ ΚΟΡΜΑΝΟΥ-ΔΡΟΚΤΟΝ

1. Στον Πίνακα 1 του χαρτιού Corman-Drosten, αναφέρονται διαφορετικές συντομογραφίες - το "nM" καθορίζεται, το "nm" δεν είναι. Περαιτέρω όσον αφορά τη σωστή ονοματολογία, το nm σημαίνει "νανόμετρο", επομένως το nm πρέπει να διαβάσει nM εδώ.

2. Είναι γενική συναίνεση να γράφετε γενετικές ακολουθίες πάντα προς την κατεύθυνση 5'-3 ', συμπεριλαμβανομένων των αντίστροφων εκκινητών. Είναι εξαιρετικά ασυνήθιστο να κάνουμε ευθυγράμμιση με την αντίστροφη συμπληρωματική γραφή της ακολουθίας εκκινητών, όπως έκαναν οι συγγραφείς στο σχήμα 2 του χαρτιού Corman-Drosten. Εδώ, επιπλέον, μια βάση ταλάντευσης επισημαίνεται ως «y» χωρίς περιγραφή των βάσεων που σημαίνει το Υ.

3. Δύο παραπλανητικές παγίδες στο χαρτί Corman-Drosten είναι ότι ο Πίνακας 1 δεν περιλαμβάνει τιμές Tm (τιμές θερμοκρασίας ανόπτησης), ούτε δείχνει τιμές GC (αριθμός G και C στις ακολουθίες ως% -value of συνολικές βάσεις).

ΣΗΜΑΝΤΙΚΑ ΣΧΕΤΙΚΑ ΜΕ ΤΟ ΧΑΡΤΙ ΤΟΥ ΚΟΡΜΑΝΟΥ-ΔΡΟΚΤΙΝΟΥ

Α) ΥΠΟΒΑΘΡΟ

Οι συγγραφείς εισάγουν το ιστορικό του επιστημονικού τους έργου ως: «Το συνεχιζόμενο ξέσπασμα του πρόσφατα αναδυόμενου μυθιστορήματος κορανοϊού (2019-nCoV) αποτελεί πρόκληση για τα εργαστήρια δημόσιας υγείας καθώς τα προϊόντα απομόνωσης ιών δεν είναι διαθέσιμα ενώ υπάρχουν αυξανόμενες ενδείξεις ότι η επιδημία είναι πιο διαδεδομένη από αρχικά σκέφτηκε, και η διεθνής εξάπλωση μέσω ταξιδιωτών έχει ήδη συμβεί ».

Σύμφωνα με το BBC News [4] και το Google Statistics [5], υπήρξαν 6 θάνατοι παγκοσμίως στις 21 Ιανουαρίου 2020 - την ημέρα που υποβλήθηκε το χειρόγραφο. Γιατί οι συγγραφείς ανέλαβαν μια πρόκληση για τα εργαστήρια δημόσιας υγείας, ενώ εκείνη την εποχή δεν υπήρχαν ουσιαστικά στοιχεία που να δείχνουν ότι το ξέσπασμα ήταν πιο διαδεδομένο από ό, τι αρχικά πίστευε;

Σκοπός, οι συγγραφείς δήλωσαν να αναπτύξουν και να αναπτύξουν ισχυρή διαγνωστική μεθοδολογία για χρήση σε εργαστήρια δημόσιας υγείας χωρίς να διαθέτουν διαθέσιμο υλικό ιών. Επιπλέον, αναγνωρίζουν ότι «Η παρούσα μελέτη καταδεικνύει την τεράστια ικανότητα απόκρισης που επιτεύχθηκε μέσω του συντονισμού ακαδημαϊκών και δημόσιων εργαστηρίων σε εθνικά και ευρωπαϊκά ερευνητικά δίκτυα»

Β) ΜΕΘΟΔΟΙ ΚΑΙ ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ

1. Σχεδίαση Primer & Probe

1α) Εσφαλμένες συγκεντρώσεις εκκινητών

Reliable and accurate PCR-test protocols are normally designed using between 100 nM and 200 nM per primer [7]. In the Corman-Drosten paper, we observe unusually high and varying primer concentrations for several primers (table 1). For the RdRp_SARSr-F and RdRp_SARSr-R primer pairs, 600 nM and 800 nM are described, respectively. Similarly, for the N_Sarbeco_F and N_Sarbeco_R primer set, they advise 600 nM and 800 nM, respectively [1].

It should be clear that these concentrations are far too high to be optimal for specific amplifications of target genes. There exists no specified reason to use these extremely high concentrations of primers in this protocol. Rather, these concentrations lead to increased unspecific binding and PCR product amplification.

Table1: Primers and probes (adapted from Corman-Drosten paper; erroneous primer concentrations are highlighted)

1b) Unspecified (“Wobbly”) primer and probe sequences

To obtain reproducible and comparable results, it is essential to distinctively define the primer pairs. In the Corman-Drosten paper we observed six unspecified positions, indicated by the letters R, W, M and S (Table 2). The letter W means that at this position there can be either an A or a T; R signifies there can be either a G or an A; M indicates that the position may either be an A or a C; the letter S indicates there can be either a G or a C on this position.

This high number of variants not only is unusual, but it also is highly confusing for laboratories. These six unspecified positions could easily result in the design of several different alternative primer sequences which do not relate to SARS-CoV-2 (2 distinct RdRp_SARSr_F primers + 8 distinct RdRp_SARS_P1 probes + 4 distinct RdRp_SARSr_R). The design variations will inevitably lead to results that are not even SARS CoV-2 related. Therefore, the confusing unspecific description in the Corman-Drosten paper is not suitable as a Standard Operational Protocol. These unspecified positions should have been designed unequivocally.

These wobbly sequences have already created a source of concern in the field and resulted in a Letter to the Editor authored by Pillonel et al. [8] regarding blatant errors in the described sequences. These errors are self-evident in the Corman et al. supplement as well.

Table 2: Primers and probes (adapted from Corman-Drosten paper; unspecified (“Wobbly”) nucleotides in the primers are highlighted)

Το πρωτόκολλο WHO (Σχήμα 1), το οποίο προέρχεται άμεσα από το χαρτί Corman-Drosten, καταλήγει στο συμπέρασμα ότι για να επιβεβαιωθεί η παρουσία του SARS-CoV-2, πρέπει να προσδιοριστούν δύο γονίδια ελέγχου (τα γονίδια E-και RdRp) στην ανάλυση. Θα πρέπει να σημειωθεί, ότι το RdRd-γονίδιο έχει μία αβέβαιη θέση («ταλάντευση») στον εμπρόσθιο εκκινητή (R = G / A), δύο αβέβαιες θέσεις στον αντίστροφο εκκινητή (R = G / A, S = G / C) και έχει τρεις αβέβαιες θέσεις στον RdRp-probe (W = A / T, R = G / A, M = A / C). Έτσι, δύο διαφορετικοί εμπρόσθιοι εκκινητές, τέσσερις διαφορετικοί αντίστροφοι εκκινητές και οκτώ διαφορετικοί ανιχνευτές μπορούν να συντεθούν για το RdRd-γονίδιο. Μαζί, υπάρχουν 64 πιθανοί συνδυασμοί εκκινητών και ανιχνευτών!

Το έγγραφο Corman-Drosten προσδιορίζει περαιτέρω ένα τρίτο γονίδιο το οποίο, σύμφωνα με το πρωτόκολλο της ΠΟΥ, δεν επικυρώθηκε περαιτέρω και θεωρήθηκε περιττό:

"Σημειωτέον, ο προσδιορισμός γονιδίου Ν είχε επίσης καλή απόδοση, αλλά δεν υποβλήθηκε σε εντατική περαιτέρω επικύρωση επειδή ήταν ελαφρώς λιγότερο ευαίσθητος."

Αυτή ήταν μια ατυχής παράλειψη, καθώς θα ήταν καλύτερο να χρησιμοποιηθούν και οι τρεις PCR γονιδίου ως επιβεβαιωτικοί προσδιορισμοί, και αυτό θα είχε ως αποτέλεσμα ένα σχεδόν επαρκές πρωτόκολλο διαγνωστικού εργαλείου ανίχνευσης RNA ιού. Τρία επιβεβαιωτικά βήματα ανάλυσης θα ελαχιστοποιούσαν τουλάχιστον τα σφάλματα και τις αβεβαιότητες σε κάθε φάση αναδίπλωσης όσον αφορά τα σημεία «Wobbly». (Παρ 'όλα αυτά, το πρωτόκολλο θα εξακολουθούσε να στερείται οποιασδήποτε «καλής εργαστηριακής πρακτικής», όταν συνυπολογίζει όλα τα άλλα λάθη σχεδιασμού).

Ως έχει, ο προσδιορισμός γονιδίου Ν δεν προτείνεται δυστυχώς ούτε στη σύσταση του ΠΟΥ (Σχήμα 1) ως υποχρεωτικό και κρίσιμο τρίτο επιβεβαιωτικό βήμα, ούτε τονίζεται στο έγγραφο Corman-Drosten ως σημαντική προαιρετική διαβεβαίωση «για μια ροή εργασιών ρουτίνας» (Πίνακας 2).

Κατά συνέπεια, σε όλες σχεδόν τις διαδικασίες δοκιμών σε όλο τον κόσμο, χρησιμοποιήθηκαν μόνο 2 αγώνες εναρκτήρα αντί των τριών. Αυτή η επίβλεψη καθιστά ολόκληρο το πρωτόκολλο δοκιμών άχρηστο όσον αφορά την παροχή ακριβών αποτελεσμάτων δοκιμών πραγματικής σημασίας σε μια συνεχιζόμενη πανδημία.

Σχήμα 1: Η επιβεβαιωτική δοκιμασία N-Gene δεν τονίζεται ως απαραίτητο τρίτο βήμα στην επίσημη σύσταση πρωτοκόλλου WHO Drosten-Corman παρακάτω [8] ούτε απαιτείται ως κρίσιμο βήμα για υψηλότερη ακρίβεια δοκιμών στη δημοσίευση Eurosurveillance.

1c) Erroneous GC-content (discussed in 2c, together with annealing temperature (Tm))

1d) Detection of viral genes

RT-PCR is not recommended for primary diagnostics of infection. This is why the RT-PCR Test used in clinical routine for detection of COVID-19 is not indicated for COVID-19 diagnosis on a regulatory basis.

“Clinicians need to recognize the enhanced accuracy and speed of the molecular diagnostic techniques for the diagnosis of infections, but also to understand their limitations. Laboratory results should always be interpreted in the context of the clinical presentation of the patient, and appropriate site, quality, and timing of specimen collection are required for reliable test results”. [9]

However, it may be used to help the physician’s differential diagnosis when he or she has to discriminate between different infections of the lung (Flu, Covid-19 and SARS have very similar symptoms). For a confirmative diagnosis of a specific virus, at least 3 specific primer pairs must be applied to detect 3 virus-specific genes. Preferably, these target genes should be located with the greatest distance possible in the viral genome (opposite ends included).

Although the Corman-Drosten paper describes 3 primers, these primers only cover roughly half of the virus’ genome. This is another factor that decreases specificity for detection of intact COVID-19 virus RNA and increases the quote of false positive test results.

Therefore, even if we obtain three positive signals (i.e. the three primer pairs give 3 different amplification products) in a sample, this does not prove the presence of a virus. A better primer design would have terminal primers on both ends of the viral genome. This is because the whole viral genome would be covered and three positive signals can better discriminate between a complete (and thus potentially infectious) virus and fragmented viral genomes (without infectious potency). In order to infer anything of significance about the infectivity of the virus, the Orf1 gene, which encodes the essential replicase enzyme of SARS-CoV viruses, should have been included as a target (Figure 2). The positioning of the targets in the region of the viral genome that is most heavily and variably transcribed is another weakness of the protocol.

Kim et al. demonstrate a highly variable 3’ expression of subgenomic RNA in Sars-CoV-2 [23]. These RNAs are actively monitored as signatures for asymptomatic and non-infectious patients [10]. It is highly questionable to screen a population of asymptomatic people with qPCR primers that have 6 base pairs primer-dimer on the 3 prime end of a primer (Figure 3).
Apparently the WHO recommends these primers. We tested all the wobble derivatives from the Corman-Drosten paper with Thermofisher’s primer dimer web tool [11]. The RdRp forward primer has 6bp 3prime homology with Sarbeco E Reverse. At high primer concentrations this is enough to create inaccuracies.

Of note: There is a perfect match of one of the N primers to a clinical pathogen (Pantoea), found in immuno-compromised patients. The reverse primer hits Pantoea as well but not in the same region (Figure 3).

These are severe design errors, since the test cannot discriminate between the whole virus and viral fragments. The test cannot be used as a diagnostic for SARS-viruses.

Figure 2: Relative positions of amplicon targets on the SARS coronavirus and the 2019 novel coronavirus genome. ORF: open reading frame; RdRp: RNA-dependent RNA polymerase. Numbers below amplicon are genome positions according to SARS-CoV, NC_004718 [1];

Figure 3: A test with Thermofischer’s primer dimer web tool reveals that the RdRp forward primer has a 6bp 3`prime homology with Sarbeco E Reverse (left box). Another test reveals that there is a perfect match for one of the N-primers to a clinical pathogen (Pantoea) found in immuno-compromised patients (right box).

2. Reaction temperatures

2a) DNA melting temperature (>92°).

Adequately addressed in the Corman-Drosten paper.

2b) DNA amplification temperature.

Adequately addressed in the Corman-Drosten paper.

2c) Erroneous GC-contents and Tm

The annealing-temperature determines at which temperature the primer attaches/detaches from the target sequence. For an efficient and specific amplification, GC content of primers should meet a minimum of 40% and a maximum of 60% amplification. As indicated in table 3, three of the primers described in the Corman-Drosten paper are not within the normal range for GC-content. Two primers (RdRp_SARSr_F and RdRp_SARSr_R) have unusual and very low GC-values of 28%-31% for all possible variants of wobble bases, whereas primer E_Sarbeco_F has a GC-value of 34.6% (Table 3 and second panel of Table 3).

It should be noted that the GC-content largely determines the binding to its specific target due to its three hydrogen bonds in base pairing. Thus, the lower the GC-content of the primer, the lower its binding-capability to its specific target gene sequence (i.e. the gene to be detected). This means for a target-sequence to be recognized we have to choose a temperature which is as close as possible to the actual annealing-temperature (best practise-value) for the primer not to detach again, while at the same time specifically selecting the target sequence.

If the Tm-value is very low, as observed for all wobbly-variants of the RdRp reverse primers, the primers can bind non-specifically to several targets, decreasing specificity and increasing potential false positive results.

The annealing temperature (Tm) is a crucial factor for the determination of the specificity/accuracy of the qPCR procedure and essential for evaluating the accuracy of qPCR-protocols. Best-practice recommendation: Both primers (forward and reverse) should have an almost similar value, preferably the identical value.

We used the freely available primer design software Primer-BLAST [12, 25] to evaluable the best-practise values for all primers used in the Corman-Drosten paper (Table 3). We attempted to find a Tm-value of 60° C, while similarly seeking the highest possible GC%-value for all primers. A maximal Tm difference of 2° C within primer pairs was considered acceptable. Testing the primer pairs specified in the Corman-Drosten paper, we observed a difference of 10° C with respect to the annealing temperature Tm for primer pair1 (RdRp_SARSr_F and RdRp_SARSr_R). This is a very serious error and makes the protocol useless as a specific diagnostic tool.

Additional testing demonstrated that only the primer pair designed to amplify the N-gene (N_Sarbeco_F and N_Sarbeco_R) reached the adequate standard to operate in a diagnostic test, since it has a sufficient GC-content and the Tm difference between the primers (N_Sarbeco_F and N_Sarbeco_R) is 1.85° C (below the crucial maximum of 2° C difference). Importantly, this is the gene which was neither tested in the virus samples (Table 2) nor emphasized as a confirmatory test. In addition to highly variable melting temperatures and degenerate sequences in these primers, there is another factor impacting specificity of the procedure: the dNTPs (0.4uM) are 2x higher than recommended for a highly specific amplification. There is additional magnesium sulphate added to the reaction as well. This procedure combined with a low annealing temperature can create non-specific amplifications. When additional magnesium is required for qPCR, specificity of the assay should be further scrutinized.

The design errors described here are so severe that it is highly unlikely that specific amplification of SARS-CoV-2 genetic material will occur using the protocol of the Corman-Drosten paper.

Table 3: GC-content of the primers and probes (adapted from Corman-Drosten paper; aberrations from optimized GC-contents are highlighted. Second Panel shows a table-listing of all Primer-BLAST best practices values for all primers and probes used in the Corman-Drosten paper by Prof. Dr. Ulrike Kämmerer & her team

3. The number of amplification cycles

It should be noted that there is no mention anywhere in the Corman-Drosten paper of a test being positive or negative, or indeed what defines a positive or negative result. These types of virological diagnostic tests must be based on a SOP, including a validated and fixed number of PCR cycles (Ct value) after which a sample is deemed positive or negative. The maximum reasonably reliable Ct value is 30 cycles. Above a Ct of 35 cycles, rapidly increasing numbers of false positives must be expected .

PCR data evaluated as positive after a Ct value of 35 cycles are completely unreliable.

Citing Jaafar et al. 2020 [3]: “At Ct = 35, the value we used to report a positive result for PCR, <3% of cultures are positive.” In other words, there was no successful virus isolation of SARS-CoV-2 at those high Ct values.

Further, scientific studies show that only non-infectious (dead) viruses are detected with Ct values of 35 [22].

Μεταξύ 30 και 35 υπάρχει μια γκρίζα περιοχή, όπου ένα θετικό τεστ δεν μπορεί να αποδειχθεί με βεβαιότητα. Αυτή η περιοχή πρέπει να αποκλειστεί. Φυσικά, μπορεί κανείς να εκτελέσει 45 κύκλους PCR, όπως συνιστάται στο πρωτόκολλο Corman-Drosten WHO (Εικόνα 4), αλλά τότε πρέπει επίσης να ορίσετε μια λογική τιμή Ct (η οποία δεν πρέπει να υπερβαίνει τους 30). Όμως, ένα αναλυτικό αποτέλεσμα με τιμή Ct 45 είναι επιστημονικά και διαγνωστικά απολύτως χωρίς νόημα (μια λογική τιμή Ct δεν πρέπει να υπερβαίνει το 30). Όλα αυτά πρέπει να κοινοποιούνται πολύ καθαρά. Είναι σημαντικό λάθος το ότι το χαρτί Corman-Drosten δεν αναφέρει τη μέγιστη τιμή Ct στην οποία ένα δείγμα μπορεί να θεωρηθεί αναμφίβολα ως θετικό ή αρνητικό αποτέλεσμα δοκιμής. Αυτό το σημαντικό όριο κύκλου κατωφλίου επίσης δεν καθορίζεται σε καμία συνέχεια υποβολές μέχρι σήμερα.

Εικόνα 4: Σύσταση RT-PCR Kit στο επίσημο πρωτόκολλο Corman-Drosten WHO [8]. Μόνο μια τιμή "Cycler" (κύκλοι) μπορεί να βρεθεί χωρίς αντίστοιχη και επιστημονικά λογική Ct (Cutoff-value). Αυτή ή οποιαδήποτε άλλη τιμή κύκλου δεν υπάρχει πουθενά στο πραγματικό χαρτί Corman-Drosten.

4. Βιομοριακές επικυρώσεις

Για να προσδιοριστεί εάν τα ενισχυμένα προϊόντα είναι πράγματι γονίδια SARS-CoV-2, είναι απαραίτητη η βιομοριακή επικύρωση των ενισχυμένων προϊόντων PCR. Για ένα διαγνωστικό τεστ, αυτή η επικύρωση είναι απόλυτη ανάγκη.

Η επικύρωση των προϊόντων PCR πρέπει να εκτελείται είτε με την εκτέλεση του προϊόντος PCR σε 1% γέλη αγαρόζης-EtBr μαζί με ένδειξη μεγέθους (χάρακας DNA ή σκάλα DNA) έτσι ώστε να μπορεί να εκτιμηθεί το μέγεθος του προϊόντος. Το μέγεθος πρέπει να αντιστοιχεί στο υπολογισμένο μέγεθος του προϊόντος ενίσχυσης. Αλλά είναι ακόμα καλύτερο να ακολουθήσετε το προϊόν ενίσχυσης. Το τελευταίο θα δώσει 100% βεβαιότητα σχετικά με την ταυτότητα του προϊόντος ενίσχυσης. Χωρίς μοριακή επικύρωση δεν μπορούμε να είμαστε σίγουροι για την ταυτότητα των ενισχυμένων προϊόντων PCR. Λαμβάνοντας υπόψη τα σοβαρά σφάλματα σχεδιασμού που περιγράφηκαν νωρίτερα, τα ενισχυμένα προϊόντα PCR μπορεί να είναι οτιδήποτε.

Επίσης δεν αναφέρεται στο χαρτί Corman-Drosten είναι η περίπτωση μικρών θραυσμάτων qPCR (περίπου 100bp): Θα μπορούσε να είναι είτε 1,5% γέλη αγαρόζης είτε ακόμη και γέλη ακρυλαμιδίου.

Το γεγονός ότι αυτά τα προϊόντα PCR δεν έχουν επικυρωθεί σε μοριακό επίπεδο είναι ένα άλλο εντυπωσιακό σφάλμα του πρωτοκόλλου, καθιστώντας κάθε δοκιμή που βασίζεται σε αυτό άχρηστο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2.

5. Θετικοί και αρνητικοί έλεγχοι για επιβεβαίωση / αμφισβήτηση συγκεκριμένης ανίχνευσης ιών.

Η μη επιβεβαιωμένη υπόθεση που περιγράφεται στο έγγραφο Corman-Drosten είναι ότι το SARS-CoV-2 είναι ο μόνος ιός από την ομάδα β-κορανοϊού που μοιάζει με SARS και προκαλεί λοιμώξεις σε ανθρώπους. Οι αλληλουχίες στις οποίες βασίζεται η μέθοδος PCR είναι σε αλληλουχίες πυριτίου, που παρέχονται από εργαστήριο στην Κίνα [23], επειδή κατά τη στιγμή της ανάπτυξης της δοκιμής PCR δεν υπήρχε υλικό ελέγχου μολυσματικού («ζωντανού») ή αδρανοποιημένου SARS-CoV- Το 2 ήταν διαθέσιμο στους συγγραφείς. Η δοκιμή PCR λοιπόν σχεδιάστηκε χρησιμοποιώντας την ακολουθία του γνωστού SARS-CoV ως υλικού ελέγχου για το συστατικό Sarbeco (Dr. Meijer, συν-συγγραφέας Corman-Drosten σε ανταλλαγή email με τον Δρ. Peter Borger) [2].

Όλα τα άτομα που εξετάζουν θετικά με τη δοκιμή RT-PCR, όπως περιγράφεται στο χαρτί Corman-Drosten, θεωρούνται θετικά για μολύνσεις SARS-CoV-2. Υπάρχουν τρία σοβαρά ελαττώματα στην υπόθεσή τους. Πρώτον, μια θετική δοκιμασία για τα μόρια RNA που περιγράφονται στο χαρτί Corman-Drosten δεν μπορεί να εξομοιωθεί με «μόλυνση από ιό». Ένα θετικό τεστ RT-PCR δείχνει απλώς την παρουσία μορίων RNA ιού. Όπως αποδεικνύεται στο σημείο 1δ (παραπάνω), η δοκιμή Corman-Drosten δεν σχεδιάστηκε για την ανίχνευση του ιού πλήρους μήκους, αλλά μόνο ένα τμήμα του ιού. Καταλήξαμε ήδη στο συμπέρασμα ότι αυτό κατατάσσει το τεστ ως ακατάλληλο ως διαγνωστικό τεστ
για μολύνσεις από ιούς SARS.

Secondly and of major relevance, the functionality of the published RT-PCR Test was not demonstrated with the use of a positive control (isolated SARS-CoV-2 RNA) which is an essential scientific gold standard.

Third, the Corman-Drosten paper states:

“To show that the assays can detect other bat-associated SARS-related viruses, we used the E gene assay to test six bat-derived faecal samples available from Drexler et al. […] und Muth et al. […]. These virus-positive samples stemmed from European rhinolophid bats. Detection of these phylogenetic outliers within the SARS-related CoV clade suggests that all Asian viruses are likely to be detected. This would, theoretically, ensure broad sensitivity even in case of multiple independent acquisitions of variant viruses from an animal reservoir.”

This statement demonstrates that the E gene used in RT-PCR test, as described in the Corman-Drosten paper, is not specific to SARS-CoV-2.

The E gene primers also detect a broad spectrum of other SARS viruses.
The genome of the coronavirus is the largest of all RNA viruses that infect humans and they all have a very similar molecular structure. Still, SARS-CoV1 and SARS-CoV-2 have two highly specific genetic fingerprints, which set them apart from the other coronaviruses. First, a unique fingerprint-sequence (KTFPPTEPKKDKKKK) is present in the N-protein of SARS-CoV and SARS-CoV-2 [13,14,15]. Second, both SARS-CoV1 and SARS-CoV2 do not contain the HE protein, whereas all other coronaviruses possess this gene [13, 14]. So, in order to specifically detect a SARS-CoV1 and SARS-CoV-2 PCR product the above region in the N gene should have been chosen as the amplification target. A reliable diagnostic test should focus on this specific region in the N gene as a confirmatory test. The PCR for this N gene was not further validated nor recommended as a test gene by the Drosten-Corman paper, because of being “not so sensitive” with the SARS-CoV original probe [1].

Furthermore, the absence of the HE gene in both SARS-CoV1 and SARS-CoV-2 makes this gene the ideal negative control to exclude other coronaviruses. The Corman-Drosten paper does not contain this negative control, nor does it contain any other negative controls. The PCR test in the Corman-Drosten paper therefore contains neither a unique positive control nor a negative control to exclude the presence of other coronaviruses. This is another major design flaw which classifies the test as unsuitable for diagnosis.

6. Standard Operational Procedure (SOP) is not available

There should be a Standard Operational Procedure (SOP) available, which unequivocally specifies the above parameters, so that all laboratories are able to set up the identical same test conditions. To have a validated universal SOP is essential, because it facilitates data comparison within and between countries. It is very important to specify all primer parameters unequivocally. We note that this has not been done. Further, the Ct value to indicate when a sample should be considered positive or negative is not specified. It is also not specified when a sample is considered infected with SARS-CoV viruses. As shown above, the test cannot discern between virus and virus fragments, so the Ct value indicating positivity is crucially important. This Ct value should have been specified in the Standard Operational Procedure (SOP) and put on-line so that all laboratories carrying out this test have exactly the same boundary conditions. It points to flawed science that such an SOP does not exist. The laboratories are thus free to conduct the test as they consider appropriate, resulting in an enormous amount of variation. Laboratories all over Europe are left with a multitude of questions; which primers to order? which nucleotides to fill in the undefined places? which Tm value to choose? How many PCR cycles to run? At what Ct value is the sample positive? And when is it negative? And how many genes to test? Should all genes be tested, or just the E and RpRd gene as shown in Table 2 of the Corman-Drosten paper? Should the N gene be tested as well? And what is their negative control? What is their positive control?

The protocol as described is unfortunately very vague and erroneous in its design that one can go in dozens of different directions. There does not appear to be any standardization nor an SOP, so it is not clear how this test can be implemented.

7. Consequences of the errors described under 1-5: false positive results.

The RT-PCR test described in the Corman-Drosten paper contains so many molecular biological design errors (see 1-5) that it is not possible to obtain unambiguous results. It is inevitable that this test will generate a tremendous number of so-called “false positives”. The definition of false positives is a negative sample, which initially scores positive, but which is negative after retesting with the same test. False positives are erroneous positive test-results, i.e. negative samples that test positive. And this is indeed what is found in the Corman-Drosten paper. On page 6 of the manuscript PDF the authors demonstrate, that even under well-controlled laboratory conditions, a considerable percentage of false positives is generated with this test:

“In four individual test reactions, weak initial reactivity was seen however they were negative upon retesting with the same assay. These signals were not associated with any particular virus, and for each virus with which initial positive reactivity occurred, there were other samples that contained the same virus at a higher concentration but did not test positive. Given the results from the extensive technical qualification described above, it was concluded that this initial reactivity was not due to chemical instability of real-time PCR probes and most probably to handling issues caused by the rapid introduction of new diagnostic tests and controls during this evaluation study.” [1]

The first sentence of this excerpt is clear evidence that the PCR test described in the Corman-Drosten paper generates false positives. Even under the well-controlled conditions of the state-of-the-art Charité-laboratory, 4 out of 310 primary-tests are false positives per definition. Four negative samples initially tested positive, then were negative upon retesting. This is the classical example of a false positive. In this case the authors do not identify them as false positives, which is intellectually dishonest.

Another telltale observation in the excerpt above is that the authors explain the false positives away as “handling issues caused by the rapid introduction of new diagnostic tests”. Imagine the laboratories that have to introduce the test without all the necessary information normally described in an SOP.

8. The Corman-Drosten paper was not peer-reviewed

Before formal publication in a scholarly journal, scientific and medical articles are traditionally certified by “peer review.” In this process, the journal’s editors take advice from various experts (“referees”) who have assessed the paper and may identify weaknesses in its assumptions, methods, and conclusions. Typically a journal will only publish an article once the editors are satisfied that the authors have addressed referees’ concerns and that the data presented supports the conclusions drawn in the paper.” This process is as well described for Eurosurveillance [16].

The Corman-Drosten paper was submitted to Eurosurveillance on January 21st 2020 and accepted for publication on January 22nd 2020. On January 23rd 2020 the paper was online. On January 13th 2020 version 1-0 of the protocol was published at the official WHO website [17], updated on January 17th 2020 as document version 2-1 [18], even before the Corman-Drosten paper was published on January 23rd at Eurosurveillance.

Κανονικά, η αξιολόγηση από ομοτίμους είναι χρονοβόρα διαδικασία, καθώς τουλάχιστον δύο εμπειρογνώμονες από τον τομέα πρέπει να διαβάσουν και να σχολιάσουν κριτικά την υποβληθείσα εργασία. Κατά τη γνώμη μας, αυτό το έγγραφο δεν αξιολογήθηκε από ομοτίμους. Είκοσι τέσσερις ώρες απλά δεν αρκούν για να πραγματοποιήσουν μια εμπεριστατωμένη αξιολόγηση από ομοτίμους. Το συμπέρασμά μας υποστηρίζεται από το γεγονός ότι διαπιστώθηκε τεράστιος αριθμός πολύ σοβαρών ελαττωμάτων σχεδιασμού από εμάς, οι οποίες κάνουν τη δοκιμή PCR εντελώς ακατάλληλη ως διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2. Οποιοσδήποτε μοριακός βιολόγος εξοικειωμένος με το σχεδιασμό RT-PCR θα είχε παρατηρήσει εύκολα τα σοβαρά σφάλματα που υπάρχουν στο έγγραφο Corman-Drosten πριν από την πραγματική διαδικασία αναθεώρησης. Ζητήσαμε από την Eurosurveillance στις 26 Οκτωβρίου 2020 να μας στείλει ένα αντίγραφο της έκθεσης αξιολόγησης από ομοτίμους. Μέχρι σήμερα, δεν έχουμε λάβει αυτήν την έκθεση και σε επιστολή της 18ης Νοεμβρίου 2020, το ECDC ως οικοδεσπότης της Eurosurveillance αρνήθηκε να παράσχει πρόσβαση χωρίς να παρέχει σημαντικούς επιστημονικούς λόγους για την απόφασή τους. Αντιθέτως, γράφουν ότι «η αποκάλυψη θα υπονόμευε τον σκοπό των επιστημονικών ερευνών». [24].

9. Συγγραφείς ως συντάκτες

Ένα τελευταίο σημείο είναι ένα μείζον μέλημα. Αποδεικνύεται ότι δύο συγγραφείς της εφημερίδας Corman-Drosten, Christian Drosten και Chantal Reusken, είναι επίσης μέλη του συντακτικού συμβουλίου αυτού του περιοδικού [19]. Ως εκ τούτου, υπάρχει μια σοβαρή σύγκρουση συμφερόντων που ενισχύει τις υποψίες ότι το έγγραφο δεν αξιολογήθηκε από ομοτίμους. Έχει την εμφάνιση ότι η ταχεία δημοσίευση ήταν δυνατή απλώς και μόνο επειδή οι συγγραφείς ήταν επίσης μέρος του συντακτικού συμβουλίου της Eurosurveillance. Αυτή η πρακτική χαρακτηρίζεται ως συμβιβαστική επιστημονική ακεραιότητα.

ΠΕΡΙΛΗΨΗ ΚΑΤΑΛΟΓΟΣ ΣΦΑΛΜΑΤΩΝ ΠΟΥ ΒΡΗΘΗΚΑΝ ΣΤΟ ΧΑΡΤΙ

Το χαρτί Corman-Drosten περιέχει τα ακόλουθα συγκεκριμένα σφάλματα:

1. Δεν υπάρχει συγκεκριμένος λόγος για τη χρήση αυτών των εξαιρετικά υψηλών συγκεντρώσεων εκκινητών σε αυτό το πρωτόκολλο. Οι περιγραφόμενες συγκεντρώσεις οδηγούν σε αυξημένες μη ειδικές συνδέσεις και ενισχύσεις προϊόντων PCR, καθιστώντας το τεστ ακατάλληλο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για την ταυτοποίηση του ιού SARS-CoV-2.

2. Έξι μη καθορισμένες ταλαντευόμενες θέσεις θα εισαγάγουν μια τεράστια μεταβλητότητα στις πραγματικές εργαστηριακές υλοποιήσεις αυτού του τεστ. η συγκεχυμένη μη ειδική περιγραφή στο χαρτί Corman-Drosten δεν είναι κατάλληλη ως Πρότυπο Πρωτόκολλο Λειτουργίας, καθιστώντας το τεστ ακατάλληλο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2.

3. The test cannot discriminate between the whole virus and viral fragments. Therefore, the test cannot be used as a diagnostic for intact (infectious) viruses, making the test unsuitable as a specific diagnostic tool to identify the SARS-CoV-2 virus and make inferences about the presence of an infection.

4. A difference of 10° C with respect to the annealing temperature Tm for primer pair1 (RdRp_SARSr_F and RdRp_SARSr_R) also makes the test unsuitable as a specific diagnostic tool to identify the SARS-CoV-2 virus.

5. A severe error is the omission of a Ct value at which a sample is considered positive and negative. This Ct value is also not found in follow-up submissions making the test unsuitable as a specific diagnostic tool to identify the SARS-CoV-2 virus.

6. Τα προϊόντα PCR δεν έχουν επικυρωθεί σε μοριακό επίπεδο. Αυτό το γεγονός καθιστά το πρωτόκολλο άχρηστο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2.

7. Η δοκιμή PCR δεν περιέχει ούτε ένα μοναδικό θετικό μάρτυρα για την αξιολόγηση της ειδικότητάς του για το SARS-CoV-2 ούτε έναν αρνητικό έλεγχο για τον αποκλεισμό της παρουσίας άλλων κοροναϊών, καθιστώντας το τεστ ακατάλληλο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον προσδιορισμό του SARS-CoV-2 ιός.

8. Ο σχεδιασμός δοκιμών στο χαρτί Corman-Drosten είναι τόσο ασαφής και ελαττωματικός που μπορεί κανείς να πάει σε δεκάδες διαφορετικές κατευθύνσεις. τίποτα δεν είναι τυποποιημένο και δεν υπάρχει SOP. Αυτό αμφισβητεί ιδιαίτερα την επιστημονική εγκυρότητα του τεστ και το καθιστά ακατάλληλο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2.

9. Πιθανότατα, το χαρτί Corman-Drosten δεν αξιολογήθηκε από ομοτίμους κάνοντας το τεστ ακατάλληλο ως ειδικό διαγνωστικό εργαλείο για τον εντοπισμό του ιού SARS-CoV-2.

10. Βρίσκουμε σοβαρές συγκρούσεις συμφερόντων για τουλάχιστον τέσσερις συγγραφείς, εκτός από το γεγονός ότι δύο από τους συγγραφείς της εφημερίδας Corman-Drosten (Christian Drosten και Chantal Reusken) είναι μέλη του συντακτικού συμβουλίου της Eurosurveillance. Προστέθηκε σύγκρουση συμφερόντων στις 29 Ιουλίου 2020 (ο Olfert Landt είναι διευθύνων σύμβουλος της TIB-Molbiol · ο Marco Kaiser είναι ανώτερος ερευνητής στο GenExpress και υπηρετεί ως επιστημονικός σύμβουλος για την TIB-Molbiol), που δεν δηλώθηκε στην αρχική έκδοση (και εξακολουθεί να είναι λείπει στην έκδοση PubMed) · Η TIB-Molbiol είναι η εταιρεία που ήταν «η πρώτη» που παρήγαγε κιτ PCR (Light Mix) με βάση το πρωτόκολλο που δημοσιεύθηκε στο χειρόγραφο Corman-Drosten και σύμφωνα με τις δικές τους λέξεις, διανέμουν αυτά τα κιτ δοκιμής PCR πριν από τη δημοσίευση υποβλήθηκε ακόμη και [20] περαιτέρω, Victor Corman & Ο Christian Drosten δεν μπόρεσε να αναφέρει τη δεύτερη σχέση του: το εργαστήριο δοκιμών «Εργασία Βερολίνο». Και οι δύο είναι υπεύθυνοι για τη διάγνωση ιών εκεί [21] και η εταιρεία δραστηριοποιείται στον τομέα των δοκιμών PCR σε πραγματικό χρόνο.

Υπό το φως της επανεξέτασης του πρωτοκόλλου δοκιμών για τον προσδιορισμό του SARS-CoV-2 που περιγράφεται στο χαρτί Corman-Drosten, έχουμε εντοπίσει σχετικά με σφάλματα και εγγενείς παραπλανητικές ενδείξεις που καθιστούν το τεστ SARS-CoV-2 PCR άχρηστο.

ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑ

Η απόφαση σχετικά με το ποια πρωτόκολλα δοκιμής δημοσιεύονται και διατίθενται ευρέως βρίσκεται ακριβώς στα χέρια της Eurosurveillance. Μια απόφαση για την αναγνώριση των σφαλμάτων που φαίνονται στο έγγραφο Corman-Drosten έχει το όφελος να ελαχιστοποιήσει σημαντικά το ανθρώπινο κόστος και τα βάσανα.

Δεν είναι προς το συμφέρον της Eurosurveillance να αποσύρει αυτό το έγγραφο; Το συμπέρασμά μας είναι σαφές. Ενόψει όλων των τεράστιων ατελειών και σφαλμάτων σχεδιασμού πρωτοκόλλου PCR που περιγράφονται εδώ, καταλήγουμε στο συμπέρασμα: Δεν υπάρχει μεγάλη επιλογή στο πλαίσιο της επιστημονικής ακεραιότητας και ευθύνης.

ΒΙΒΛΙΟΓΡΑΦΙΚΕΣ ΑΝΑΦΟΡΕΣ

[1] Corman Victor M, Landt Olfert, Kaiser Marco, Molenkamp Richard, Meijer Adam, Chu Daniel KW, Bleicker Tobias, Brünink Sebastian, Schneider Julia, Schmidt Marie Luisa, Mulders Daphne GJC, Haagmans Bart L, van der Veer Bas, van den Brink Sharon, Wijsman Lisa, Goderski Gabriel, Romette Jean-Louis, Ellis Joanna, Zambon Maria, Peiris Malik, Goossens Herman, Reusken Chantal, Koopmans Marion PG, Drosten Christian. Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. Euro Surveill. 2020;25(3):pii=2000045. https://doi.org/10.2807/1560-7917.ES.2020.25.3.2000045

[2] Email communication between Dr. Peter Borger & Dr. Adam Meijer: Supplementary Material

[3] Jafaar et al., Correlation Between 3790 Quantitative Polymerase Chain Reaction–Positives Samples and Positive Cell Cultures, Including 1941 Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Isolates. https://academic.oup.com/cid/advance-article/doi/10.1093/cid/ciaa1491/5912603

[4] BBC, January 21st 2020: https://www.bbc.com/news/world-asia-china-51185836;
Archive: https://archive.is/0qRmZ

[5] Google Analytics – COVID19-deaths worldwide: https://bit.ly/3fndemJ
Archive: https://archive.is/PpqEE

[6] Laboratory testing for COVID-19 Emergency Response Technical Centre, NIVD under
China CDC March 15th, 2020: http://www.chinacdc.cn/en/COVID19/202003/P020200323390321297894.pdf

[7] Real-Time PCR Handbook Life Technologies: https://www.thermofisher.com/content/dam/LifeTech/global/Forms/PDF/real-time-pcr-
handbook.pdf

Nolan T, Huggett J, Sanchez E.Good practice guide for the application of quantitative PCR (qPCR) First Edition 2013

[8] Trestan Pillonel et al, Letter to the editor: SARS-CoV-2 detection by real-time RT-PCR: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7268274/

[9] Kurkela, Satu, and David WG Brown. “Molecular-diagnostic techniques.” Medicine 38.10
(2009): 535-540.

[10] Wolfel et al., Virological assessment of hospitalized patients with COVID-2019
https://www.nature.com/articles/s41586-020-2196-x

[11] Thermofischer Primer Dimer Web Tool: https://www.thermofisher.com/us/en/home/brands/thermo-scientific/molecular-biology/molecular-biology-learning-center/molecular-biology-resource-library/thermo-scientific-web-tools/multiple-primer-analyzer.html

Supplementary Material

[12] Primer-BLAST, NCBI – National Center for Biotechnology Information: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/tools/primer-blast/

[13] Marra MA, Steven JMJ, Caroline RA, Robert AH, Angela BW et al. (2003) Science. The
Genome sequence of the SARS-associated coronavirus. Science 300(5624): 1399-1404.

[14] Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 isolate Wuhan-Hu-1, complete
genome: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

[15] Borger P. A SARS-like Coronavirus was expected but nothing was done to be prepared. Am J Biomed Sci Res 2020. https://biomedgrid.com/pdf/AJBSR.MS.ID.001312.pdf
https://www.researchgate.net/publication/341120750_A_SARS-
like_Coronavirus_was_Expected_but_nothing_was_done_to_be_Prepared;
Archive: https://archive.is/i76Hu

[16] Eurosurveillance paper evaluation / review process: https://www.eurosurveillance.org/evaluation

[17] Official recommendation of the Corman-Drosten protocol & manuscript by the WHO,published on January 13th 2020 as version 1.0 of the document:
https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/wuhan-virus-assay-
v1991527e5122341d99287a1b17c111902.pdf; archive: https://bit.ly/3m3jXVH

[18] Official WHO-recommendation for the Corman / Drosten RT-qPCR-protocol, which
directly derives from the Eurosurveillance-publication, document-version 2-1, published on
17th January 2020: https://www.who.int/docs/default-source/coronaviruse/protocol-v2-
1.pdf?sfvrsn=a9ef618c_2

[19] Eurosurveillance Editorial Board, 2020: https://www.eurosurveillance.org/upload/site-
assets/imgs/2020-09-Editorial%20Board%20PDF.pdf;
Archive: https://bit.ly/2TqXBjX

[20] Instructions For Use LightMix SarbecoV E-gene plus EAV Control, TIB-Molbiol & Roche
Molecular Solutions, January 11th 2020: https://www.roche-as.es/lm_pdf/MDx_40-0776_96_Sarbeco-E-
gene_V200204_09164154001 (1).pdf
Archive, timestamp – January 11th 2020: https://archive.is/Vulo5;
Archive: https://bit.ly/3fm9bXH

[21] Christian Drosten & Victor Corman, υπεύθυνος για τη διάγνωση ιών στο Labor Berlin:
https://www.laborberlin.com/fachbereiche/virologie/
Αρχείο: https://archive.is/CDEUG

[22] Tom Jefferson, Elizabeth Spencer, Jon Brassey, Carl Heneghan Viral κουλτούρες για την
αξιολόγηση μολυσματικότητας COVID- 19. Συστηματική αξιολόγηση. Συστηματική αναθεώρηση doi:
https://doi.org/10.1101/2020.08.04.20167932 https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

[23] Kim et al., The Architecture of SARS-CoV-2 Transcriptome:
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0092867420304062

[24] Απάντηση του ECDC στον Δρ. Peter Borger, 18 Νοεμβρίου 2020:
Συμπληρωματικό υλικό

[25] Καθ. Δρ. Ulrike Kämmerer & ομάδα, έρευνα & πίνακας Primer-BLAST:
Συμπληρωματικό υλικό

Επιπλέον βιβλιογραφία:

Περιγραφή RT-PCR RKI Γερμανία, στη σελίδα 10 του παρόντος σύνδεσμο:
https://www.rki.de/DE/Content/Gesundheitsmonitoring/Gesundheitsberichterstattung/GBE
; DownloadsJ / JoHM_S5_2020_Studienprotokoll_CORONA_MONITORING_lokal.pdf __ άμορφη μάζα = p
ublicationFile

Συνεργασίες συγγραφέα :

1) Dr. Pieter Borger (MSc, PhD), Molecular Genetics, W + W Research Associate, Lörrach, Γερμανία 

2) Rajesh Kumar Malhotra (Καλλιτέχνης ψευδώνυμος: Bobby Rajesh Malhotra ), πρώην τρισδιάστατος καλλιτέχνης / επιστημονικές απεικονίσεις στο CeMM - Κέντρο Μοριακής Ιατρικής της Αυστριακής Ακαδημίας Επιστημών (2019-2020), Πανεπιστήμιο Εφαρμοσμένων Τεχνών - Τμήμα Ψηφιακών Τεχνών Βιέννη, Αυστρία

3) Δρ. Michael Yeadon BSs (Hons) Biochem Tox U Surrey, PhD Pharmacology U Surrey. Διευθύνων Σύμβουλος, Yeadon Consulting Ltd, πρώην Chief Scientist της Pfizer, Ηνωμένο Βασίλειο 

4) Dr. Clare Craig MA, (Cantab) BM, BCh (Oxon), FRCPath, Ηνωμένο Βασίλειο

5) Ο Kevin McKernan , BS Emory University, Chief Scientific Officer, ιδρυτής Medical Genomics, σχεδίασε τον αγωγό αλληλουχίας στο WIBR / MIT για το Human Genome Project, εφευρέθηκε και ανέπτυξε τον SOLiD sequencer, απονέμει διπλώματα ευρεσιτεχνίας που σχετίζονται με PCR, DNA Isolation and Sequencing, USA

6) Καθ. Δρ. Klaus Steger , Τμήμα Ουρολογίας, Παιδιατρικής Ουρολογίας και Ανδρολογίας, Μοριακής Ανδρολογίας, Κέντρο Βιοϊατρικής Έρευνας του Πανεπιστημίου Justus Liebig, Giessen, Γερμανία

7) Δρ. Paul McSheehy (BSc, PhD), Φαρμακολόγος Βιοχημικών & Βιομηχανίας, Loerrach, Γερμανία

8) Δρ Lidiya Angelova , MSc στη Βιολογία, Διδακτορικό στη Μικροβιολογία, Πρώην ερευνητής στο Εθνικό Ινστιτούτο Αλλεργίας και Λοιμωδών Νοσημάτων (NIAID), Maryland, ΗΠΑ

9) Dr. Fabio Franchi, Former Dirigente Medico (M.D) in an Infectious Disease Ward, specialized in “Infectious Diseases” and “Hygiene and Preventive Medicine”, Società Scientifica per il Principio di Precauzione (SSPP), Italy

10) Dr. med. Thomas Binder, Internist and Cardiologist (FMH), Switzerland

11) Prof. Dr. med. Henrik Ullrich, specialist Diagnostic Radiology, Chief Medical Doctor at the Center for Radiology of Collm Oschatz-Hospital, Germany

12) Prof. Dr. Makoto Ohashi, Professor emeritus, PhD in Microbiology and Immunology, Tokushima University, Japan

13) Dr. Stefano Scoglio, B.Sc. Ph.D., Microbiologist, Nutritionist, Italy

14) Dr. Marjolein Doesburg-van Kleffens (MSc, PhD), specialist in Laboratory Medicine (clinical chemistry), Maasziekenhuis Pantein, Beugen, The Netherlands

15) Dr. Dorothea Gilbert (MSc, PhD), PhD Environmental Chemistry and Toxicology. DGI Consulting Services, Oslo, Norway

16) Dr. Rainer J. Klement, PhD. Department of Radiation Oncology, Leopoldina Hospital Schweinfurt, Germany

17) Dr. Ruth Schruefer, PhD, human genetics/ immunology, Munich, Germany, 

18) Dra. Berber W. Pieksma, General Practitioner, The Netherlands

19) Dr. med. Jan Bonte (GJ), Consultant Neurologist, The Netherlands

20) Dr. Bruno H. Dalle Carbonare (Molecular biologist), IP specialist, BDC Basel, Switzerland

21) Dr. Kevin P. Corbett, MSc Nursing (Kings College London) PhD (London South Bank) Social Sciences (Science & Technology Studies) London, England, United Kingdom

22) Prof. Dr. Ulrike Kämmerer, specialist in Virology / Immunology / Human Biology / Cell Biology, University Hospital Würzburg, Germany

Author’s Contributions:

PB: Planned  and  conducted  the analyses and research, conceptualising  the manuscript.

BRM: Planned  and  conducted  the research, conceptualising  the figures and manuscript.

MY: Proofreading the analyses and research.

KMcK: Conducted  the analyses and research, conceptualized the manuscript.

KS: Conducted  the analyses and research.

PMcS: Proofreading the analyses and research.

LA: Proofreading the analyses and research.

FF: Proofreading the analyses and research.

TB: Proofreading the analyses and research.

HU: Proofreading the analyses and research.

MO: Proofreading the analyses and research.

SS: Proofreading the analyses and research.

MDvK: Proofreading the analyses and research.

DG: Proofreading the analyses and research.

RJK: Proofreading the analyses and research.

RS: Proofreading the analyses and research, and the manuscript.

BWK: Προεπισκόπηση των αναλύσεων και της έρευνας.

RvV: Προεπισκόπηση των αναλύσεων και της έρευνας.

JB: Προεπισκόπηση των αναλύσεων και της έρευνας.

KC: Προεπισκόπηση των αναλύσεων και της έρευνας.

ΗΒ: Σχεδίασε και διεξήγαγε τις αναλύσεις και την έρευνα, εννοώντας το χειρόγραφο.

Πρόσθετοι αναγνώστες απόδειξης:

Saji N Hameed, Περιβαλλοντική Πληροφορική, Πανεπιστήμιο Aizu, Tsuruga, Ikki-machi, Aizuwakamatsu-shi, Fukushima, Ιαπωνία

Howard R. Steen, MA Chem. Εγγ. Cantab, πρώην διευθυντής έρευνας, Γερμανία

Προσθήκη

Ενημέρωση 2.12.2020: Η 

συνεισφορά του συγγραφέα Ο Δρ. Michael Yeadon άλλαξε σε:
Προεπισκόπηση των αναλύσεων και της έρευνας.

Συνεργασία συγγραφέα Kevin Mckernan άλλαξε σε:
Medicinal Genomics.

Επόμενο "